python单细胞学习笔记-day7

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前面，我们生信技能树的讲师小洁老师与萌老师新开了一个学习班： 《掌握Python，解锁单细胞数据的无限可能》 ，身为技能树的一员，近水楼台先得月，学起！下面是我的学习笔记，希望可以给你带来一点参考 今天继续学习视频：python_day6剩余部分和python_day7视频 ！一口气学完吧！ 续： python单细胞学习笔记-day6 6.2 marker基因可视化 细胞cluster注释，搜集的已知细胞类型的marker基因： CD4 T IL7R CD14+ Mono CD14 CD14+ Mono LYZ B MS4A1 CD8 T CD8A NK GNLY NK NKG7 FCGR3A+ Mono FCGR3A FCGR3A+ Mono MS4A7 DC FCER1A DC CST3 Platelet PPBP 读取进来： # 读取 df = pd.read_table( "markers.txt" ,header= None ) # 添加列名 df.columns = [ 'Cell_Type' ,  'Marker' ] # 创建字典，其中每个细胞类型对应一个标记基因列表 markers = df.groupby( 'Cell_Type' )[ 'Marker' ].apply(list).to_dict() markers # 绘图 sc.pl.dotplot(adata, markers, groupby= 'leiden' ,fig ………………………………