关于单细胞转录组分析的STAR的小技巧

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由于课题涉及到一些单细胞数据的处理，因此前面曾讨论过STAR软件处理scRNA-seq数据的一些参数（ 普通和单细胞转录组比对利器-STAR ），最近又看了看STAR的文档，整理了下一些小技巧。 STAR用法： /path/to/STAR --genomeDir /path/to/genome/dir/ \ --readFilesIn ... \ --soloType ... \ --soloCBwhitelist ... 和CellRanger 4保持一致，需要加入的参数 ： ## 和CellRanger 4.0保持一致, 去除cDNA（R2）序列中5'TSO和3'polyA-tail。使用下列参数: --clipAdapterType CellRanger4 \ --outFilterScoreMin 30 \ --soloCBmatchWLtype 1MM_multi_Nbase_pseudocounts \ --soloUMIfiltering MultiGeneUMI_CR \ --soloUMIdedup 1MM_CR 其他重要参数的设置： Barcode类型： ## The STAR solo algorithm is turned on with: since 2.7.3a --soloType CB_UMI_Simple STAR index ： ## Index和基因注释文件gtf都可以从10x直接下载或调用： https://support.10xgenomics.com/single-cell-ge ………………………………