北京大学JCTC | 高温分子动力学的概率密度重加权方法

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英文原题： Probability Density Reweighting of High-Temperature Molecular Dynamics 通讯作者： 吴云东（北京大学） 作者： 陈家楠，代博涛 分子动力学（MD）是研究生物大分子结构和功能的重要计算方法。然而，MD计算速度较慢，通常只能达到微秒的时间尺度，而一些重要的生物学过程，例如蛋白质折叠、蛋白质与配体结合，需要毫秒甚至更长的时间才会发生。 高分子动力学（HT-MD）通过提高模拟温度来增高构象之间的交换速度，是一个简单有效的不依赖集合变量的采样方法。对于蛋白质环区的模拟表明，HT-MD的计算速度比经典的副本交换分子动力学（REMD）快几十倍。HT-MD已经被用来预测蛋白质-多肽复合物的结构，研究酶的构象变化，评估小分子与蛋白的结合强弱。但是，高温模拟得到的构象分布与常温时的显著不同，目前缺乏一个重加权方法，能够将高温时的 ………………………………