专栏名称: 生信分析手册
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4+外泌体相关+WGCNA+分型+预后模型,思路不复杂,简单直接,小白可学习!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-06-13 10:03

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Identification of exosome-related gene signature as a promising diagnostic and therapeutic tool for breast cancer”,这篇文章发表在 Heliyon 期刊上,影响因子为4。 结果: 通过差异表达分析和WGCNA筛选关键基因 使用limma R软件包在TCGA-BRCA数据集中鉴定了肿瘤和相邻正常组织之间的差异表达基因。共鉴定出6,786个差异表达基因(DEGs),每个基因的绝对对数折叠变化(|logFC|)大于1且经过调整的p值小于0.05。在此阈值下,有2,899个基因上调表达(logFC >1且p.adjust < 0.05),3,887个基因下调表达(logFC < −1且p.adjust < 0.05)。根据差异分析结果生成了火山图(附图2A)。通过交集分析DEGs和ERGs,作者获得了30个差异表达的外泌体相关基因(ERDEGs)。外泌体相关基因的表达情况以热图形式展示(附图2B)。 使用30个表型相关基因的表达,作者使用ssG ………………………………

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