进化树可视化？你一直做错，知道吗？

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为什么会错？错在哪里？ 时间有限，我们直接进入主题。首先我们大家都会用蛋白序列建树，对不对？现在最常用的也是 IQtree。一般呢，这些软件给出的都是无根树。尽管我们都知道无根树和有根树的区别就是有没有根，但可视化的时候，我们仍然会习惯性地使用有根树的方式来可视化无根树。为了方便，直接给大家看两张同一个基因树的图吧。 首先先上进化树构建软件出来的树，我们用 figtree 可视化，如下 毋庸置疑，我们已经按照有根树的模式来可视化，见最左边（实际上 newick 文本本身格式就是有根的，为了记录进化树信息，我们也没办法，默认用有根树文本记录无根树）。 同一个树，我们用无根树的模式来可视化 有趣的事情发生了。需要明确的是，无根树可视化的时候，真正体现 taxon，也就是上述每个蛋白之间的“距离”。 在没有明确 ………………………………