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好看的PCoA图易得,这些概念也需要了解

SCIPainter  · 公众号  ·  · 2025-01-09 11:09
    

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微生物组学研究中,常用的数据可视化分析当属PCA、PCoA,之前介绍过两者之间的区别: PCA与PCoA区分 ,本期继续分享Omicshare平台PCoA工具适用的几种数据类型及对应参数选择; 研究微生物群落的老师常用到这几个概念:样本距离、绝对丰度与相对丰度,在进行数据分析时也需根据不同数据选择合适的工具及参数,如拿到的是绝对丰度数据,在上传做PCoA分析时工具将先计算相对丰度值、样本间Bray-Curtis距离后,再进行PCoA分析;上传相对丰度数据同样会计算样本距离后分析; Tips: 上传文件不允许出现整列为0的数据或负数值!!! 绝对丰度数据: 相对丰度数据: 绝对丰度值: 测定的微生物分类单元实际数量,如细胞数、基因reads数等,反映微生物的实际数量; 相对丰度值: 某个微生物分类单元的数量占该样本中所有微生物总数量的比例,反映微生 ………………………………

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