三种方式下载GEO芯片注释文件GPL

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我们最新一期的生信入门群里的小伙伴学完了两周的R语言后，都开始了自己的芯片数据实战分析，其中有个学员遇到了 从GEO数据库中下载 GPL 芯片注释文件失败的问题： 为什么下载这么难呢？我们来看看有哪几种下载方法吧，总有一款适合你！ 1、R 包：GEOquery 一般，我最先会使用 GEOquery这个包进行下载，代码如下，只需要给出 GEO编号，设置 getGPL = T即可，随便给一个GSE编号：GSE228568 library(GEOquery) gset  < - getGEO( "GSE63678" , destdir =  '.' , getGPL = T) gpl_anno  < - as.data.frame(fData(gset[[1]])) colnames(gpl_anno) head(gpl_anno[1:5, c(1:5,10:12)]) 这个代码会默认下载 一个 .soft.gz文件在当前目录并读取进来，这样就很快就能得到这个信息了： 2、R包：AnnoProbe 这个包为曾老板方便国内用户解决网速问题，开发的一个包，下载速度非常滴快。网址： https://github.com/jmzeng1314/Ann ………………………………