Cell | Andrew Fire团队从人类微生物组中发现新型 “类病毒”RNA元件

主要观点总结

本文报道了美国斯坦福大学Andrew Z. Fire团队在Cell杂志上发表的研究，该研究发现了名为“方尖碑（obelisks）”的新可遗传RNA元件，该元件广泛分布于全球不同环境和人体的微生物组中。研究使用了生物信息学工具Vnom在微生物组RNA测序数据中搜索具有单链、环状基因组特征的序列，并发现了Obelisk-alpha和Obelisk-beta。此外，该研究还探究了Obelisk的一些生物学特征，如核酶的存在情况，以及与宿主的关系等。

关键观点总结

关键观点1: 研究发现一类新的可遗传RNA元件——Obelisk，广泛分布于全球不同环境和人体的微生物组中。

研究使用生物信息学工具Vnom在微生物组RNA测序数据中搜索具有特定特征的序列，发现了Obelisk-alpha和Obelisk-beta。

关键观点2: Obelisk具有潜在的生物学意义，研究初步探索了其一些生物学特征，如核酶的存在情况。

作者探究了Obelisk中核酶的存在情况，发现部分Obelisks包含一种锤头状核酶变体。

关键观点3: Obelisk与宿主之间存在一定关系，研究初步揭示了其宿主范围和解剖学特异性。

作者发现不同亚型的Obelisk有部位倾向性，表明Obelisk可能具有解剖学特异性。并且初步探究了其与宿主的关系，例如发现人类口腔细菌血链球菌SK36可能是该元件的宿主之一。

文章预览

撰文｜617 类病毒是一类自身缺乏编码蛋白质能力，依赖于宿主RNA聚合酶进行复制的单链RNA病原体 【1-5】 。目前，已发现的类病毒和其近似结构主要分布于植物中。但是近年来，随着人们开始在更大范围寻找类病毒样元件，发现这些RNA元件可能广泛存在于不同宿主和环境中 【6-8】 。 2024年10月30日，美国斯坦福大学 Andrew Z. Fire 团队在 Cell 杂志上发表了题为 Viroid-like colonists of human microbiomes 的文章。该研究 发现了一类名为“方尖碑（obelisks）”的新可遗传RNA元件。该元件广泛分布于全球不同环境和人体的微生物组中，具有潜在的生物学意义。 为挖掘类病毒样元件，作者首先搭建了一个新的生物信息学工具—— Vnom ，并使用该工具在微生物组RNA测序数据 （iHMP项目的人类粪便数据集） 中搜索了具有单链、环状基因组特征的序列。通过进一步的过滤和检 ………………………………