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如何用单细胞研究癌症起源的单克隆与多克隆问题,提供详细原始代码

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-12-12 06:30
    

主要观点总结

本文研究了结直肠癌前病变的多克隆到单克隆的转变过程,通过小鼠模型和人类散发性息肉的基因组学分析,揭示了多克隆起源和单克隆转变的分子机制。研究发现,早期结直肠肿瘤发生涉及多个独立谱系的平行克隆扩张,且早期多克隆病变中存在广泛的细胞间相互作用。单细胞RNA测序揭示了多克隆到单克隆转变期间细胞间相互作用的减少,支持了从多克隆到单克隆过渡的模型,其中单克隆病变代表了一个更高级的阶段。这些发现为结直肠癌的早期干预提供了见解。

关键观点总结

关键观点1: 结直肠癌前病变的多克隆到单克隆转变

研究揭示了结直肠癌前病变的多克隆起源和单克隆转变的分子机制,包括早期多克隆病变中的细胞间相互作用和单克隆转变期间这种相互作用的减少。

关键观点2: 多克隆起源和单克隆转变的分子机制

通过小鼠模型和人类散发性息肉的基因组学分析,发现早期结直肠肿瘤发生涉及多个独立谱系的平行克隆扩张。

关键观点3: 早期多克隆病变中的细胞间相互作用

单细胞RNA测序揭示了早期多克隆病变中存在广泛的细胞间相互作用,这些相互作用可能通过细胞外基质组织和细胞粘附发生。

关键观点4: 单克隆转变期间细胞间相互作用的减少

随着病变的克隆性增加,观察到细胞间相互作用减少,支持了从多克隆到单克隆转变的模型。

关键观点5: 结直肠癌早期干预的见解

这些发现为结直肠癌的早期干预提供了见解,强调了细胞间相互作用在肿瘤发生早期阶段的关键作用。


文章预览

Basic Information 英文标题: Polyclonal-to-monoclonal transition in colorectal precancerous evolution 中文标题:从多克隆到单克隆的转变在结直肠癌前病变的进化过程中发生 发表日期:30 October 2024 文章类型:Article 所属期刊:Nature 文章作者:Zhaolian Lu | Zheng Hu 文章链接:https://www.nature.com/articles/s41586-024-08133-1 Abstract Para_01 揭示癌前病变的起源和演变对于有效预防恶性转化至关重要,但目前我们的知识仍然有限。 在这里,我们使用了一种基于碱基编辑器的DNA条形码系统,全面绘制了炎症或Apc基因丢失诱导的小鼠肠道肿瘤发生模型中的单细胞谱系。 通过对包括正常、炎症和肿瘤性肠组织在内的260,922个单细胞的高分辨率谱系进行定量分析,我们识别出每个病变内数十个独立细胞谱系的平行克隆扩张。 我们还通过批量全外显子组测序和单腺体全基因组测序发现了人类散 ………………………………

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