生存分析代码（1）输入数据的整理

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文学习生存分析代码，还是老样子，先将输入数据整理好 一、整理输入数据的流程 图1是做TCGA差异分析时，对输入数据整理的流程。此时生存信息可以从临床信息中获取 图1 TCGA差异分析的输入数据整理 但Xena里面其实有现成的生存信息，所以不妨直接拿来用 图2 生存分析输入数据的整理 二、代码 表达矩阵只需要tumor数据，不要normal，将其去掉，新表达矩阵数据命名为 exprSet 临床信息需要进一步整理，成为生存分析需要的格式，新临床信息数据命名为 meta 。由于不同癌症的临床信息表格列名可能不同，以下的代码需要根据实际情况修改 本位以KIRC为例演示代码，只是将CHOL换成了KIRC，其步骤一是样的，即生成Rdata文件的代码详见 转录组差异分析代码（1）数据读取与整理 一文 rm(list=ls()) proj =  "TCGA-KIRC" loa ………………………………