文本矩阵格式单细胞数据读取与整理

文章预览

写在开头 之前陆陆续续 基于V4版本以及V5版本的Seurat包，整理过单细胞不同数据格式的读取方式 不同格式单细胞数据下载及读取分析流程 单细胞数据获取及格式介绍 V5版seurat读取不同格式单细胞数据 10X格式单个样品分开读取 以及过来学习的 学徒整理的超详细的笔记 —— 不同文件格式单细胞数据读取流程 在平常分析复现单细胞文献的时候，读取比较多的也是 10X标准格式的三个文件 ，所以 基于下载数据批量整理到对应的文件夹 ，以及使用Read10X函数读取 #将文件整理到对应的文件夹 fs=list.files( './' , 'features' ) fs samples= gsub( '_features.tsv.gz' , '' ,fs) samples lapply(1:length(samples),  function (i){   x=samples[i]   y=fs[i]   dir.create(x,recursive = T)   file.copy(from= y ,             to=file.path(x,   'features.tsv.gz'  ))    file.copy(from= gsub( 'features' , 'matrix' ,gsub( 'tsv' , ………………………………