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LABS:基于线性扩增的亚硫酸氢盐测序-超灵敏检测cfDNA中甲基化水平

科研这点事儿  · 公众号  ·  · 2024-07-22 09:20

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基于甲基化的液体活检有望利用循环游离DNA检测癌症;然而,目前的限制阻碍了临床应用。大多数检测 需要大量的DNA材料(Illumina TruSeq需要至少250ng,NuGen RRBS需要至少100 ng) ,而这 对于临床生物样本来说通常是无法承受的,从而阻碍了基于甲基化组的检测在“现实世界”的临床应用中的使用。例如,现有方法不能用于临床上可行的血浆体积(例如几毫升),因为这些血浆中的 Input   cfDNA 可能不到10ng 。此外,来自肿瘤的ctDNA反映肿瘤邻近组织的cfDNA可能以更低的水平存在于总cfDNA中。这些与肿瘤相关的cfDNA成分在当前的DNA甲基化检测中往往代表性不足, 因为在样品处理中使用了指数扩增,导致检测覆盖率和灵敏度降低 。 此外,在传统测序方法的指数扩增步骤中,代表性不足的肿瘤DNA片段可能无法检测到。 为了应对复杂且DNA有限的临床样本所带来 ………………………………

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