Genome Biol | 陈路/林静雯/耿佳团队开发纳米孔RNA直测新方法DEMINERS

文章预览

传统的RNA测序方法通过逆转录生成cDNA，然后进行扩增、测序等多个步骤，过程中可能会引入技术偏差导致分析不准确，且逆转录之后也失去了RNA表观修饰信息。 纳米孔直接RNA测序（DRS） 通过检测被捕获RNA分子穿过纳米孔时发送的电流信号变化进行解析，避免因逆转录和扩增引入的偏差，还可以解析RNA分子隐藏的所有信息，包括RNA全长的序列信息、polyA长度和RNA修饰修饰。 因为不需要进行序列的拼接，可准确鉴定选择性剪接等转录调控。 因此DRS被广泛应用于生理和病理条件下的转录组变化分析、表观转录组学、微生物组与宏转录组学等领域。 然而，目前DRS的广泛应用还面临着诸多挑战：首先，由于没有成熟的样本标记技术，当前纳米孔芯片仅能完成一个样本的测序，其高昂的成本限制了DRS的大规模应用；其次，碱基识别准确率较低，难以精准识 ………………………………