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GSEA富集分析可视化

医学和生信笔记  · 公众号  ·  · 2024-11-22 07:59
    

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关注公众号,发送 R语言 或 python ,可获取资料 💡专注R语言在🩺生物医学中的使用 设为“ 星标 ”,精彩不错过 今天给大家介绍GSEA,基因集富集分析,的可视化!主要是带你 详细了解如何自定义GSEA的经典图形 。 之前的推文已经带大家了解了富集分析的常见类型以及如何使用 clusterprofiler 进行富集分析,如何使用 enrichplot 进行可视化: 富集分析的常见类型 enrichplot可视化富集分析结果 不过在上期内容中,我们主要是以 ORA 为例,演示了如何进行可视化,虽然 enrichplot 的画图函数对于 ORA 和 GSEA 都是支持的(参考上期内容),但是我们并没有过多介绍 GSEA 富集分析的可视化内容,主要是因为部分函数是专门针对 GSEA 的。 所以本期内容会详细介绍 GSEA 可视化及如何自定义。 本期目录: 准备数据 GSEA富集分析 峰峦图 gseadist gsearank gseaplot gseaplot2 基本 ………………………………

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