Science｜AlphaFold2结构指导前瞻性配体发现

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加 星标 ，再也不怕错过更新！方法见文末动图。 基于结构的库对接在早期配体发现中广泛应用。传统对接依赖晶体学或冷冻电镜获得的实验蛋白质结构，但许多药物靶点缺乏这些实验结构，同源模型因此成为替代选择。深度学习方法如 AlphaFold2 （AF2） 在蛋白质结构预测方面展示了前所未有的原子精度。AF2数据库涵盖几乎所有潜在治疗靶标，在结构生物学、蛋白质设计、相互作用、靶标预测、功能预测和生物机制等方面表现出显著的实用性。尽管 AF2 结构总体准确，但在配体结合位点建模上的准确性仍存担忧。回顾性研究表明，基于未精炼 AF2 模型的对接在识别已知配体和预测配体姿态方面表现较差，可能低估了 AF2 结构在前瞻性发现新配体方面的潜力。 2024年5月， Science 上介绍了一篇题为 “AlphaFold2 structures guide prospective ligand discovery” 的文章， ………………………………