Nat. Methods | 单细胞蛋白质生物学的上下文AI模型

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大家好，今天给大家分享一篇Nature Methods上的文章 “Contextual AI models for single-cell protein biology”，本文通讯作者是来自哈佛医学院的Marinka Zitnik教授，研究方向为利用AI进行科学发现，及进行个体化的诊断与治疗等。 蛋白质是细胞的基本功能单元，其相互作用实现了不同的生物学功能。机器学习进行预测的方法能高通量地对蛋白质相互作用网络进行预测，增加人们对于蛋白与功能间关系的理解。 虽然细胞都有相同的基因，但蛋白的表达却取决于不同类型的细胞和组织，也可因疾病等发生改变。因此生物学情景的引入能提升蛋白的表征效果，而目前的深度学习算法欠缺这一点，单细胞转录组的结果能很好解决这一问题。作者在本文中发展了PINNACLE这一深度学习模型，利用了单细胞转录组及PPI、细胞细胞相互作用等数据，产生了高质量的各种细胞类型的 ………………………………