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7+双疾病+WGCNA+单细胞,做法简单易复现的文章思路,没有思路的同学可参考!!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-07-30 18:10

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“Exploring the molecular mechanism of comorbidity of autism spectrum disorder and inflammatory bowel disease by combining multiple data sets”,这篇文章发表在J Transl Med期刊上,影响因子为7.4。 从GSE3365和GSE18123中筛选差异表达基因(DEGs) 使用来自开放的NCBI GEO数据库的数据,作者获取了GSE3365的系列矩阵文件数据,该数据涉及炎症性肠病。总共包括127组转录组数据,其中42组来自正常样本,85组来自IBD样本,这些数据被包含在注释文件GPL96中。使用limma软件包确定了两组样本之间的差异表达基因(DEGs)。P值 < 0.05和|logFC|>0.585是定义DEG的标准,共鉴定出616个DEG(包括327个上调基因和289个下调基因)(图1a)。然后,下载了与自闭症相关的GSE18123系列矩阵文件数据。注释的基质为GPL570。总共使用了64组转录组数据,其中33组来自正常样本,31组来自自 ………………………………

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