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在上一步，我们得到80W个位点之后，我们就可以开始我们的下游分析了。即便你没有完成上游分析也没有关系，我将上游处理的结果数据上传到了百度云盘，在 生信媛后台 回复“BSA”就可以获取下载地址。 下游分析 下游分析可能是比较成熟化的流程分析，对服务器的要求比较高一些，下游分析则是对背景知识要求高一些，例如VCF的格式，遗传学的三大定律等。 让我们先安装并加载所需的R包 install.pacakges( "devtools" ) install.packages( "vcfR" ) devtools:install_github( "xuzhougeng/binmapr" ) library ( "vcfR" ) library ( "binmapr" ) 然后我们需要利用vcfR读取VCF文件 vcf "04-variant-filter/snps.vcf") 接着从VCF对象中提取两个关键信息，AD(Allele Depth)和GT(Genotype) gt < - extract .gt ( vcf ) ad < - extract .gt ( vcf , "
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