来呀，互相伤害呀

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理想条件下，我们希望一个物种有多少染色体，结果最好就只有多少个contig。当然对于二代测序而言，这绝对属于妄想，只希望得到的contig文件中，每个contig都能足够的长，能够有一个完整的基因结构，归纳一下就是3C原则: 连续性(Contiguity): 得到的contig要足够的长 正确性(Correctness): 组装的contig错误率要低 完整性(Completeness)：尽可能包含整个原始序列 这三条原则也比较定性，我们需要更加定量的数值衡量，比如说contig数, 组装的总长度等, N50等。问题来了，什么叫做N50呢， 小故事，当初我刚学生信的时候，老板给我一个项目，让我继续组装一个初步组装的contigs。我刚入门啥都不懂，于是就去请教一个师兄，他当时问我你的基因组N50是多少呀？我一脸懵逼，茫然四 ………………………………