蛋白组学下游分析的一体化解决方案-DEP包（一）（安装/shiny用法/重复基因处理/构建SE对象）

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官网教程目录 DEP包的特点 1.DEP包从获得蛋白质谱的矩阵表达开始到后续的数据过滤，标准化，缺失值处理及差异与富集分析，其功能囊括了蛋白组学分析的大部分需要。 2.有利于交互操作的shiny界面及可以一键分析出结果的函数。 3.有大量可视化函数，并且是基于ggplot2语法的，后期方便进行个性化定义。 4.缺失值插补的方法比较灵活，可以根据不同的分组或者蛋白局部插补，这与其他包不同，其他包一般全局用同样方法进行插补。 代码演示 1-2. 载入安装及shiny用法 # 0. 安装及载入包---------------------------------------------------------------------- # if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) #   install.packages("BiocManager") # BiocManager::install("DEP") # BiocManager::install("mzR") library( "DEP" ) library(tidyverse) library(MsCoreUtils) library(openxlsx) library(SummarizedExperiment) #教程地址：http: ………………………………