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清华大学,Nature Methods!

BioMed科技  · 公众号  ·  · 2024-11-13 20:34
    

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蛋白质适应度地形是一个高维复杂空间,包含着大量可能的序列和功能。尽管已经有很多尝试来探索这一空间,如定向进化、深度突变扫描、随机文库构建等方法,但现有的方法通常劳动密集、时间消耗大,且难以全面覆盖高维空间,且在精确度和序列空间覆盖之间需要做出权衡。此外,传统的实验方法一般只能处理低维度的突变,不考虑自然选择对蛋白质适应度地形的影响。 目前,计算方法,如基于结构或序列的模型,虽然可以评估更大的序列空间,但也受到训练数据质量和可用性的限制,特别是对于没有同源或结构信息的蛋白质。此外,现有的计算方法通常忽略了其他生物学因素,如蛋白质与体内环境的相互作用或翻译后修饰。 为了解决这些问题, 清华大学药学院 张数一 团队 提出了一种名为EvoAI的混合实验-计算方法,通过EvoScan工具有效压 ………………………………

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