Monocle 3官网教程-5-差异分析

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官网首页 本次分享内容 教程地址：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/differential/ 差异表达分析是 RNA-Seq 实验中常见的任务。Monocle 可以帮助您找到在细胞组之间差异表达的基因，并评估这些变化的统计学显著性。Monocle 3 包含了一个强大的系统，用于发现在不同类型的细胞、不同发育时间点采集的细胞，或以不同方式被干扰的基因。 在 Monocle 中进行差异分析有两种方法： 回归分析：使用 fit_models() 函数，您可以评估每个基因是否依赖于时间、处理等变量。 图自相关分析：使用 graph_test() 函数，您可以找到在轨迹上或不同簇之间变化的基因。 Monocle 还配备了专门用于发现共调控基因组的函数。此外，Monocle 还允许您交互式地查询特定簇或轨迹区域（例如分支点），找出其内部变化的基因。 让我们依次详细了解这些工具。 回归分析 在本节中，我们 ………………………………