主要观点总结
文章介绍了名为EVenn的综合性可视化工具,用于解析韦恩图并处理多组学数据。EVenn平台包含多个模块,如交互式韦恩图、欧拉图、UpSet图、花瓣图、交互式花瓣图、韦恩网络和韦恩计算,用于不同类型数据的可视化。平台提供数据中心以简化数据上传和分析过程,并支持多种标准化数据格式。文章通过案例展示了EVenn在差异代谢物、差异表达基因、ChIP-seq数据、微生物群落特异性和GO富集结果中的实用性,并提供了数据的可访问性。
关键观点总结
关键观点1: EVenn是一个全面的韦恩图工具
EVenn为多个组学数据的分析提供了统一的平台,包括交互式图和网络图,满足了代谢组学、基因组学、转录组学和蛋白质组学等多组学数据分析的复杂需求。
关键观点2: EVenn的数据中心简化输入过程
数据中心采用标准化的两列矩阵格式,适用于多种工具,包括交互式韦恩图、欧拉图、UpSet图等,简化了数据上传和分析过程。
关键观点3: EVenn提供用户友好的界面
EVenn界面设计友好,简化了各种韦恩图、欧拉图、UpSet图的生成过程,为深入探索多组学数据提供了强大的支持。
关键观点4: EVenn在多个案例展示中的实用性
通过案例展示,EVenn在差异代谢物、差异表达基因、ChIP-seq数据、微生物群落特异性和GO富集结果中的实用性得到了证明,展示了其在多组学分析中的实用性。
关键观点5: 数据和脚本的可用性
所有数据和脚本已在GitHub和Gitee上发布,所有补充材料也可从线上获取,为研究人员提供了便利。
文章预览
通讯点击蓝字 关注我们 最全可视化集合工具EVenn使用手册 iMeta主页:http://www.imeta.science 研究论文 ● 原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.184 ● 2024年4月11日,中国中医科学院陈同、黄璐琦和中国农科院深圳基因组所刘永鑫等团队在 iMeta 在线联合发表了题为 “ Visualizing set relationships: EVenn's comprehensive approach to Venn diagrams ” 的文章。 ● 本文概述了EVenn的各种应用,包括韦恩图的代表性结果解读、数据中心管理数据,多个案例演示。通过这些功能,使EVenn成为一个用户友好的集合关系探索工具,为深入探索多组学数据提供强大的支持。 ● 第一作者: 杨莓 ● 通讯作者: 陈同( chent@nrc.ac.cn ) 、刘永鑫( liuyongxin@caas.cn ) 、黄璐琦( huangluqi01@126.com ) ● 主要单位:天津中医药大学中医药研究院、中国中医科学院中药资源中心道地药材品质保障
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