空转数据分析之生态位聚类算法Banksy

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传统的单细胞聚类算法，例如Seurat和Scanpy Pipeline中的Louvain和Leiden等聚类算法，通常在处理空间数据时忽略了空间信息。然而，由于细胞状态受其周围细胞的影响，将转录组数据与细胞的空间信息结合起来进行聚类分析，将更有助于揭示细胞在组织中的分布和相互作用。 2024年2月，来自Shyam Prabhakar 和Kok Hao Chen研究团队的Vipul Singhal、Nigel Chou和Joseph Lee等人在 Nature Genetics 上发表了一篇题为《BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis》（https://www.nature.com/articles/s41588-024-01664-3）的研究文章。这项工作开发了一种名为 BANKSY 的空间聚类算法。BANKSY可通过结合细胞/Spots的转录组信息和其局部微环境信息，显著提升空间组学数据分析的准确性和效率。BANKSY算法不仅能够处理大规模数据集，提高细胞类型聚类和组织域分割的性能 ………………………………