tidyomics体系介绍及用法详解-2-转录组分析的整洁流-tidybulk（一）

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前言 tidybulk整体介绍 教程网址：https://stemangiola.github.io/tidybulk/ 整体图标 代码（示例数据） library(tidyverse) library(tidybulk) library(SummarizedExperiment) data(counts_SE) counts_SE class(counts_SE) counts_SE %>%   get_bibliography()  #查看参考文献 测试数据本质上还是SE对象 SE对象增加了tidy的组织结构 引用参考文献的功能比较好 # 合并重复的基因名称 rowData(counts_SE) $gene_name  = rownames(counts_SE) dim(counts_SE) counts_SE.aggr = counts_SE %>%    aggregate_duplicates(.transcript = gene_name) dim(counts_SE.aggr) 由于没有重复的基因名称，因此维度没有变化 #对于counts数据进行标准化（统一测序深度） counts_SE.norm = counts_SE.aggr %>%    identify_abundant(factor_of_interest = condition) %>%  #过滤地表达基因   scale_abundance() #标准化后的se对象增加了一个assay矩阵 assays(counts_SE.norm)%>%names() assay(counts_SE.norm, "count_scaled" ………………………………