ConDecon—Bulk组织中动态细胞过程伪时间反卷积

文章预览

生信益站，一点就有益 ！ 祝友友们天天开心，月月发 CNS~ 设我为🌟星标，每天就能第一时间看到推送啦~ ❝ 目前的 反卷积方法 仅限于 离散细胞类型 ，对 细胞分化 或 免疫细胞激活 等 连续细胞 过程的推断能力有限。 研究人员提出了 ConDecon ，这是一种独立于聚类的方法，用于推断单细胞数据集中每个细胞存在于总体组织中的可能性。与基于回归的方法相比， ConDecon 在表型分辨率和功能方面有所改进。使用 ConDecon ，研究人员发现神经退行性小胶质细胞炎症通路在儿童室管膜瘤间充质转化中的意义，并描述了它们的激活空间轨迹。 这种方法的通用性使得其他数据模式（例如 bulk ATAC-seq 数据）的反卷积成为可能。 ConDecon ConDecon 需要三个输入： 单细胞基因表达计数数据 单细胞潜伏空间 标准化 Bulk 数据 借助这些信息， ConDecon 可以了解一种关系 ………………………………