如何将 “杂乱” 的富集通路 “网络” 化？

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给大伙介绍一个 R 包—— 旨在帮助分析 RNA-Seq 结果。具体来说，使用它的目的是提供一些工具，这些工具可以获取 DE 基因列表并对其进行不同的分析，从而帮助解释结果。 其中包括执行通路富集的函数（支持多个数据库），以及用于可视化这些结果的工具（火山图、热图、互作网络图）。基因还可用于创建和绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络，所有这些都在 R 内部完成。 它就是pathlinkR ，参考教程：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/pathlinkR.html 封面图：pathlinkR包含将基于 Reactome 的方法（“sigora” 或 “reactomepa”）的通路富集结果转换​​为网络的功能，使用分配给每个通路的基因重叠来确定它们彼此之间的相似性。在这些网络中，每个通路都是一个节点，它们之间的连接或边缘通过距离测量确定。可以设置一个阈值，其中具有最小相似度测 ………………………………