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5+细胞死亡+单细胞+预后模型+实验验证,上分模版已就位,快来学习!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-09-05 18:10

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Prognostic and immunological implications of heterogeneous cell death patterns in prostate cancer ”,这篇文章发表在 Cancer Cell Int 期刊上,影响因子为5.3。 结果: PCDRGs 的差异表达和突变 在 TCGA-PRAD 队列中,共鉴定出 146 个 dePCDRGs,满足 P < 0.05 和 |log2FC|> 1.其中,56 个基因表现出上调,而 90 个基因表现出下调,特别是在前列腺癌中,此外,提供了有关每个 dePCDRGs 的染色体位置、表达水平和相关性的详细信息。随后的富集分析显示,这些 dePCDRGs 参与多种生物途径。值得注意的是,涉及的通路包括 PI3K-AKT、Ras 和 Rap1 信号通路,以及坏死性凋亡、细胞凋亡和自噬通路和过程。在 TCGA-PRAD 数据集中,60.81% 的前列腺癌患者表现出突变。在 oncoplot 中对 dePCDRGs 中前 20 个最常突变的基因进行了综合分析,其中 SPOP (11%)、TP53 (11%) 和 TTN ………………………………

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