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JASPAR,一款非常好用的转录因子结合位点数据库

i生信  · 公众号  ·  · 2024-10-25 13:41
    

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转录因子(Transcription factor,TF)是在转录水平上参与基因表达调控的蛋白质。它们在基因上游与特定DNA序列结合来与DNA相互作用。这些特定的DNA序列我们称之为Motif,研究鉴定Motif对于解释基因表达调控机制、理解生物进化过程等具有重要作用。 一、JASPAR数据库介绍 JASPAR 是一个定期维护的开放获取数据库,里面存放了人工整理的转录因子结合谱,内容包含了TF-DNA 相互作用中每个位置的每个核苷酸的出现情况。目前JASPAR中的Motif通过两种方式来收集:1)通过分析CHIP-seq等数据来发现Motif,2)从出版物中获取Motif。这两种情况都会经过编辑的严格审核。因此JASPAR拥有庞大全面的数据规模,且可以无限制使用其数据。 数据库地址: https://jaspar.elixir.no/ 二、界面介绍 进入JASPAR主界面,左侧蓝框内是工具栏,右侧红框是用户指南,新用户可以点击跟随指南中的 ………………………………

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