Science | 基于AlphaFold2预测模型的分子对接打开药物筛选 “新世界”

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AlphaFold2等预测的蛋白结构模型是否可以直接用来 “分子对接” ，筛选与之结合的小分子？和实验结构相比，使用预测模型筛选的小分子有哪些特点？ 目前这些仍然是开放的问题，之前回顾型分析显示相对于实验结构，AF2等预测的结构模型不能很好地模拟已知的蛋白-配体互作[1], [2]。 然而，最新工作通过 前瞻性 地直接 比对 基于 实验结构 与 预测结构模型 的分子对接与药物筛选，出乎意料地发现：至少在部分场景下，两者可以有类似的筛选效率，也就是在结合比例、结合强度、效价等方面相当 （有些参数甚至基于预测结构模型的筛选更优） [3], [4]。 更有意思的是，通过后续更具体实验分析，研究人员发现基于预测结构模型筛选到的小分子很多时候特异性更高，可以同时筛选到激动剂 （agonist） 与拮抗剂 （antagonist） ， 并且和 基于实验结构筛 ………………………………