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1.PCA分析 主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)主要为了降低变量数目(即降维)进行简化分析,在高通量测序中,主要用于样本重复性的评价。 OmicShare的PCA工具除了生成加置信区域的二维散点图,可以切换成3D图表,以三维的方式进行呈现。 工具链接: https://www.omicshare.com/tools/home/report/reportpca.html 详细教程: 《如何完成主成分分析(PCA)并添加置信区间?》 2. OPLS-DA工具 之前在《如何进行PCA、PLS-DA和OPLS-DA分析?》一文中介绍了如何使用R语言进行PCA、PLS-DA 和OPLS-DA 三种类似的多元统计分析。其实,OmicShare的OPLS-DA工具也可以一键完成。 工具链接: https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/diff_metabolin 详细教程: 《分享一个强大的PCA、PLS-DA、OPLS-DA在线分析工具》 3.火山图绘制 火山图的绘制需要差异分析结果文件,主要使用log2fc、pvalue两列数据进行绘制。
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