《合成生物学》推荐 | PNAS——定量解构肿瘤微环境：DeSide助力多种肿瘤内细胞丰度的精准预测

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摘 要 肿瘤微环境是一个由多种类型细胞组成的复杂生态系统。实体肿瘤内，除了癌细胞之外，还存在数量可观的血管内皮细胞、成纤维细胞、以及多种免疫细胞，如肿瘤相关巨噬细胞和肿瘤浸润淋巴细胞等。大量研究表明，这些不同类型细胞的比例，在多种癌症类型中与患者的病情进展密切相关。因此， 精准量化肿瘤微环境中各类细胞的比例，对于深入理解肿瘤的发生与发展规律、优化癌症诊疗策略等具有重要意义。 在现有的技术中，流式细胞术和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等实验方法能够直接测定肿瘤微环境中的细胞比例，但这些方法通常成本较高。为解决这一问题，研究人员开发了多种计算方法以基于低成本的批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据来估算不同类型细胞的比例，例如EPIC、MuSiC、CIBERSORTx、Scaden、Kassandra等。然而，由于不同肿瘤类型中癌 ………………………………