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导语 今天给同学们分享一篇生信文章“Integrative analysis of cancer-associated fibroblast signature in gastric cancer”，这篇文章发表在Heliyon期刊上，影响因子为4。 在单细胞RNA测序数据中鉴定CAF 从GSE183904获取了26个原发性胃癌组织的单细胞RNA测序数据。在基于细胞标记、线粒体和核糖体基因表达的质量控制后，t-SNE和UMAP降维算法将细胞分为八个主要聚类和28个更具体的聚类。使用特定基因标记验证了不同细胞类型，包括常见的CAF基因标记。成纤维细胞表达PDGFRA、PDGFRB、COL1A1、COL1A2、DCN和FAP基因标记。说明了几个聚类的细胞类型和比例，突出显示了每个细胞类型中T细胞的大比例。 基于GC中的scRNA-seq数据对CAF进行聚类 GSE183904原始数据包含158,641个细胞和26,571个基因。作者利用来自26个原发性胃癌样本的单细胞RNA测序数据建立了一个严格的CAF（肿瘤相关成纤维细胞
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