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今天是生信星球陪你的 第973天 公众号里的文章大多数需要编程基础,如果因为代码看不懂,而跟不上正文的节奏,可以来找我学习,相当于给自己一个新手保护期。 我的课程都是循环开课。 下一期的时间,点进去咨询微信↓ 生信分析直播课程 生信新手保护学习 小组 单细胞陪伴学习小组 1.背景知识 众所周知,单细胞转录组数据的输入文件是多种多样的,详见: 不同文件格式单细胞数据读取流程 除了标准三个文件的格式,就还有很多其他的! 今天来看一个小坑坑。 这个数据是GSM4453576,给的是txt.gz格式,gz是压缩格式,不用解压可以正常读取。 所以正常的读取方式应该是这样: a = data.table :: fread ( "GSM4453576_P1_exp.txt.gz" , data.table = F) a = tibble :: column_to_rownames (a, "V1" ) a[ 1 : 4 , 1 : 4 ] 1_TAGGCTAAGCCG 1_CCGGCATATTCG 1_TCCGTAGACGTA 1_AAACTACAGTGC PWP1 8
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