干货，如何知道设计的引物的覆盖度？

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很多人问我，怎么知道设计引物的覆盖度情况。今天简单的介绍下，如果生信比较强，可以自己建数据库，利用blast软件，进行比对统计。也可以使用MFEprimer3软件，进行比对。今天介绍一个简单方便的方法，供大家参考。 以肺炎链球菌（ Streptococcus pneumoniae ）为例，首先登录NCBI的primer-blast网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome。如下图所示，在Database选项选nr，Organism选项选择，Streptococcus pneumoniae作为比对数据库。然后开始进行检索。 检索完成后，就会得到如下结果页面，如下图所示，会获得很多的比对到的结果。 然后，将NCBI比对的结果页面，进行整理，会获得如下的结果，可以覆盖298个 肺炎链球菌的基因组序列。 最后，我们在NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/?taxon=1313 _level=2:3）上检索肺炎链球菌的基因组数量， ………………………………