eggNOG-mapper简介

主要观点总结

本文介绍了eggNOG-mapper软件的功能和使用方法。该软件基于eggNOG数据库，用于对蛋白序列进行快速功能注释。流程包括选择比对方法、基于进化树数据库筛选直系同源基因、功能注释等步骤。使用说明部分介绍了输入数据格式、参数设置和结果下载方式。结果解释部分列出了注释结果中各个字段的含义。

关键观点总结

关键观点1: eggNOG-mapper软件的功能

基于eggNOG数据库，对蛋白序列进行快速功能注释，区分直系同源基因与旁系同源基因。

关键观点2: eggNOG-mapper的使用流程

包括选择比对方法、基于进化树数据库筛选直系同源基因、功能注释等步骤。

关键观点3: 使用说明

介绍了输入数据格式、参数设置（包括Taxonomic Scope、Orthology restrictions、Gene Ontology evidence等）、结果下载方式。

关键观点4: 结果解释

注释结果中包括query蛋白序列名称、seed_ortholog比对上的seed ortholog编号、evalue、score、直系同源组、COG功能分类、注释的基因功能描述等。

文章预览

今天我们来介绍一款对蛋白序列进行快速功能注释的软件： eggNOG-mapper 。 过去想知道一条 未知 蛋白序列的功能，我们的做法通常是用 blast 或 interProScan 软件基于序列相似性找到其直系同源基因，但这种做法不太可靠，毕竟找到的基因可能是旁系同源基因。目前多个工具整体评估发现 eggNOG(evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups) 在区分直系同源基因与旁系同源基因上表现不错，因此 eggNOG-mapper 的作者基于 eggNOG 数据库开发了这款工具，用于对序列进行功能注释。 eggNOG-mapper 网址： eggnog-mapper.embl.de 一、eggNOG-mapper 流程介绍 整个流程可以用一句话来概括，选择 HMMER 或 DIAMOND 或 MMSEQS2 方法将输入的蛋白序列与 eggNOG 数据库进行比对 ，每条序列的最佳匹配结果以  seed ortholog  形式存放 ，基于 eggNOG 进化树数据库进一步筛选推断直系同源基因， ………………………………