Gromacs教程2-水中的单个甲烷

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系列教程往期回顾: Gromacs教程1-水 原文：James (Wes) Barnett 在本教程中，我将向您展示如何在一个盒子的TIP4PEW水中创建一个包含一个OPLS力场甲烷的系统。 设置 和以前一样，我们需要一个结构文件，一个拓扑文件和参数文件。我们将使用GROMACS工具 gmx pdb2gmx 从pdb文件生成拓扑。 用pdb2gmx设置残基 对于这个分子，我们将使用OPLS力场。 力场位于顶层力场目录（可能是 /usr/ share / gromacs / top 或类似的东西）。 如果您不确定您的GROMACS安装位置在哪里，可以使用如下命令： $ echo $ GMXPREFIX 如果您sourcing 了GROMACS配置文件，则会为您提供安装位置。在该目录中找到 share / gromacs / top 并进入它（例如，如果GMXPREFIX是 / usr ，则转到 /usr/ share / gromacs / top ）。或者你可以简单地转到 ………………………………