Cell2location环境部署详解（2024年9月）

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关于Cell2location，我有写过一个推文，见【 整合单细胞和空转数据多种方法之Cell2location 】。但是最近换了电脑和学校的服务器，在部署Cell2location环境时发现Cell2location怎么装都有问题。要么是Cell2location无法正常import，要么是无法调用GPU。我查看了官方github，发现很多人存在类似的问题。我尝试进行debug，发现坑还是挺多的，所以本帖记录一下Cell2location GPU版的环境部署问题。 Cell2location官方github在https://github.com/BayraktarLab/cell2location#Installation 官方教程在：https://cell2location.readthedocs.io/en/latest/ 首先使用Conda创建Cell2location的小环境，安装cell2location以及scvi，注意版本问题： mamba create -n cell2loc python=3.11 conda activate cell2loc pip3 install torch torchvision torchaudio pip install cell2location==0.1.3 pip install scvi-tools==1.0.4 pip3 install igraph leidenalg 然后，对于GPU的调用， ………………………………