【斑马鱼肾脏】多个单细胞数据整合分析（二）

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作者用了SCT来整合24个数据集，建议大家换成harmony，否则电脑根本承受不来~ 因为斑马鱼的基因格式和我们常用的人或鼠不太一样，所以过滤这一步显得麻烦一些： list_mitochondrial = c( "ENSDARG00000063895" ,  "ENSDARG00000063899" ,  "ENSDARG00000063905" ,  "ENSDARG00000063908" ,  "ENSDARG00000063910" ,  "ENSDARG00000063911" ,  "ENSDARG00000063912" ,  "ENSDARG00000063914" ,  "ENSDARG00000063916" ,  "ENSDARG00000063917" ,  "ENSDARG00000063921" ,  "ENSDARG00000063921" ,  "ENSDARG00000063922" ,  "ENSDARG00000063924" ) for  (i  in   1 :length(sc_all_datasets)) {    try (sc_all_datasets[[i]][[ "percent.mt" ]] } for  (i  in   1 :length(sc_all_datasets)) {   print(sum(sc_all_datasets[[i]]@meta.data[[ "percent.mt" ]])) } ids_list  for  (i  in   1 :length(sc_all_datasets)) {     ids     ids_list } length(Reduce(intersect,ids_list)) #common genes - 6904 sum_cells =  0 for  (i  in   1 :length( ………………………………