PNAS丨谭蔚泓、韩达合作解密sgc8c DNA适体的复杂三维结构和功能优化

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引言 核酸的三维结构和构象动态对其发挥精密的生物功能至关重要。核酸适体通过折叠成特定的三维结构实现对蛋白和小分子等标靶的高亲和力、高特异性识别。靶向膜蛋白的核酸适体在疾病检测和靶向治疗等领域展现出巨大潜力。通常，利用冷冻电镜、X射线晶体衍射和核磁共振 （NMR） 技术测定蛋白-核酸适体复合物的三维空间结构是研究适体识别机制和功能优化的最直接策略。然而，对于具有较大构象动态性的蛋白和核酸适体，往往不易获取准确的复合物结构信息。生物大分子结构预测模型如AlphaFold 3、RoseTTAFoldNA等在RNA、RNA-蛋白复合物结构预测性能上有所提升，但对DNA复杂三维结构预测表现欠佳。这是因为相较于RNA，DNA形成长程三级相互作用 （long-range tertiary interactions） 的能力较弱，导致 Protein Data Bank  (PDB)  数据库中DNA复杂三维结构的数量 ………………………………