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文章复现学习 | ROS(7)模型可视化之森林图&诺模图

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-11-11 17:57
    

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文学习复现《Oxidative Stress Response Biomarkers of Ovarian Cancer Based on Single-Cell and Bulk RNA Sequencing》(基于单细胞和Bulk转录组的卵巢癌氧化应激反应生物标志物)一文中的图,其中Oxidative Stress Response缩写为ROS。文章包含了芯片、转录组、单细胞等技术,适合用来复现及学习 七、森林图 & 诺模图 本篇学习四个作图: 高/低风险KMplot 、 timeROC曲线 、 森林图 、 诺模图 1.高/低风险KMplot & timeROC曲线 1.1模型 rm(list = ls()) load( "../5.GEOdatapre/GSE17260.Rdata" ) load( "../5.GEOdatapre/GSE26712.Rdata" ) load( "../6.model/lassogene.Rdata" ) load( "../6.model/TCGA-OV_sur_model.Rdata" ) library(survival) library(survminer) library(glmnet) load( "../6.model/lasso_model.Rdata" ) load( "../6.model/rsurv.Rdata" ) genes = lassoGene # 计算风险评分 dats  = list(dat1 = cbind(meta,t(exprSet[genes,])),       ………………………………

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