基于Transformer的新方法，可从纳米孔测序中准确预测DNA甲基化

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将 ScienceAI   设为 星标 第一时间掌握 新鲜的 AI for Science 资讯 编辑 | 萝卜皮 DNA 甲基化在各种生物过程中起着重要作用，包括细胞分化、衰老和癌症发展。哺乳动物中最重要的甲基化是5-甲基胞嘧啶，主要发生在 CpG 二核苷酸的背景下。 全基因组亚硫酸盐测序等测序方法可以成功检测 5-甲基胞嘧啶 DNA 修饰。然而，它们存在读取长度短的严重缺陷，可能会引入扩增偏差。 新加坡 A*STAR 的研究人员开发了一种深度学习算法 Rockfish，该算法通过使用纳米孔测序（Oxford Nanopore Sequencing，ONT）显著提高了读取级 5-甲基胞嘧啶检测能力。 该研究以「 Rockfish: A transformer-based model for accurate 5-methylcytosine prediction from nanopore sequencing 」为题，于 2024 年 7 月 3 日发布在《 Nature Communications 》。 考虑到需要一种高精度的读取级别预测方法，研究人员着手 使用现代架构 Trans ………………………………