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可以每一条代谢通路都激活吗

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-05-31 08:26
    

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最近刷到了2023发表在NC杂志的男性乳腺癌患者的单细胞转录组图谱文章,标题是:《Single-cell transcriptome analysis indicates fatty acid metabolism-mediated metastasis and immunosuppression in male breast cancer》 其中附件有一张图是男性和女性的乳腺癌患者肿瘤细胞表达量差异基因的代谢通路打分后的差异热图,如下所示: 代谢通路打分后的差异热图 可以看到有50多个代谢通路都是在男性乳腺癌患者里面的癌细胞是显著的激活相当于女性乳腺癌患者来说,略微有那么一点点不可思议了哦。 我们来一个学徒作业吧, 大家可以针对常见的性别不显著的癌症去搜索单细胞转录组数据集,里面肯定是有一些病人性别信息的,就可以做类似的分析看看。 首先获取在kegg数据库的全部的代谢通路 library (KEGGREST) org  < - keggList( 'organism' ) head(org) org[str_detect(org[, 3 ], "human" ),]  hsa_path  < -  ………………………………

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