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单细胞多样品标准流程代码-1

生信漫漫学  · 公众号  ·  · 2024-09-20 09:30

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单细胞测序—标准流程代码(1) 现在的单细胞测序很少是单个样本测序了,一般是多个样本。 这里用 ifnb.SeuratData包 中的 ifnb 示例数据来模拟单细胞测序多样本分析流程。 首先需要额外安装 ifnb.SeuratData 包 # InstallData('ifnb.SeuratData') # 使用上面的代码下载,但是非常考验网络 # trying URL 'http://seurat.nygenome.org/src/contrib/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz' # Content type 'application/octet-stream' length 413266233 bytes (394.1 MB) # 如果网络不行,就想办法下载(394.1 MB)保存在自己的电脑里面,然后下面的代码安装 #install.packages(pkgs = '/home/data/t110558/R/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz', #                  repos = NULL, #                  type = "source" ) # 一定要看到这个包成功安装哦 # * DONE (ifnb.SeuratData) step1:导入数据 rm(list=ls()) options(stringsAsFactors =  F )  source ( 'scRNA_s ………………………………

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