Nature | 利用机器学习设计细胞特异性基因调控元件

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撰文 | 啾啾椰 顺式调控元件 （Cis-regulatory elements, CREs ） 是基因组中与调控基因表达相关的DNA序列。它们通常位于目标基因附近，通过影响RNA聚合酶及其他调控蛋白的结合来控制基因的表达水平 【1 】 。CREs在组织特异性治疗和生物技术应用中具有应用潜力，但天然CREs未经过优化，不一定能完全满足这些需求。随着深度学习和高通量基因检测技术的发展 【2】 ，研究者可以构建并测试大量合成CREs，来探索这些元件的潜力。 近日，来自MIT 和Harvard的 P. C. Sabeti、S. K. Reilly 和 R. Tewhey 研究团队在 Nature 上发表了题为 Machine-guided design of cell-type-targeting cis-regulatory elements 的文章， 通过机器学习算法设计出具有高度细胞类型特异性的合成CREs，在体内和体外驱动基因表达，并与天然CREs进行性能比较，验证了合成CREs在实际应用中的有效性。 研究的起点是构建 ………………………………