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实现快速灵敏的蛋白同源物检测 使用传统方法（如蛋白质序列比较）在大型数据库中鉴定蛋白质同源物，往往会遗漏远程同源物（remote homologs）。在此， 香港中文大学 Yu Li 、复旦大学 孙思琦研究员 和 耶鲁大学 Mark Gerstein 等人 提出了一种超快、高灵敏度的方法，即密集同源检索器（DHR），用于基于蛋白质语言模型和密集检索技术检测同源物。 其双编码器架构为同一蛋白质序列生成不同的嵌入，并通过比较这些很容易定位同源物。其无比对特性提高了速度，蛋白质语言模型在DHR嵌入中融合了丰富的进化和结构信息。与以前的方法相比，DHR的灵敏度提高了10%以上，对于使用基于比对的方法难以识别的样本，在超家族水平上的敏感性提高了56%以上。它比PSI-BLAST和DIAMOND等传统方法快22倍，比HMMER快28700倍。DHR独家发现的新的远程同源物可用于揭示特征明 ………………………………