使用MAKER进行基因注释(高级篇之SNAP模型训练）

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训练 ab initio 基因预测工具(以SNAP为例) 对于一个新的物种而言，你大概率是没有一个高质量的基因模型去进行基因预测。但是我们可以利用EST序列（少部分物种估计有）、二代测序数据、同源物种蛋白序列，先直接用Maker做基因注释，尽管得到的模型可能不是特别的完美，但可以作为输入反复迭代运行Maker，从而提高最终的表现。 这次使用的是下载的练习数据集（见附录） cd ~/maker_tutorial/example_02_abinitio 同样，让我们先构建配置文件，并修改如下配置 maker -CTL vim maker_opts.ctl # modify the following line genome=pyu_contig.fasta est=pyu_est.fasta protein=sp_protein.fasta est2genome=1 protein2genome=1 这里的"est2genome"和"protein2genome"表示直接从EST序列和同源但序列中推测基因结构，当然这肯定不靠谱。不 ………………………………