【Cell子刊】人类基因组的秘密：8,222个基因组中的VNTR基序多态性全解析

主要观点总结

本文主要介绍了一项关于可变数目串联重复序列（VNTR）的研究。该研究发现VNTR多态性与人类表型分化和疾病易感性有关。研究者构建了迄今为止最大的全基因组VNTR多态性图谱，并探讨了VNTR在基因表达调控中的作用。研究还发现了不同人群中VNTR长度和图案组成的差异，并举例说明了VNTR与特定疾病之间的关系。

关键观点总结

关键观点1: 研究背景及目的

随着基因研究的深入，拷贝数变异已经得到了很好的研究，但重复序列多态性对功能的影响仍然未知。本研究旨在揭示VNTR多态性与人类表型和疾病之间的关系。

关键观点2: 主要研究成果

研究者构建了包含38,685个全基因组VNTR和916,938个VNTR主题的变异图谱，并发现VNTR多态性与人类表型分化和疾病易感性有关。其中，特定VNTR基因在基因表达中起到调控作用。

关键观点3: VNTR的特点和重要性

VNTR是以重复模式为特征的连续DNA序列，通常跨度为7到100个碱基对。它在人类基因组中广泛存在且高度可变。由于VNTR的变异可能导致基因表达的改变，因此它在人类表型分化和疾病易感性方面起着重要作用。

关键观点4: 研究成果的实例

研究团队发现了一些与特定疾病相关的VNTR。例如，位于TMCO1和EIF3H的两个非编码VNTR与青光眼和结直肠癌风险有显著关系。此外，还发现了一些与IgA水平、头发颜色、结直肠腺癌和高度近视等表型相关的VNTR。

关键观点5: 研究意义和展望

本研究揭示了VNTR多态性与人类表型和疾病之间的关系，为研究疾病的发病机制和治疗方法提供了新的思路。未来，可以进一步深入研究VNTR的功能和机制，以及其在药物研发中的应用。

文章预览

【导读】 变数串联重复（VNTR）是一种普遍存在且高度易变的遗传特征，其长度和重复序列都各不相同。尽管拷贝数变异研究得很好，但重复序列多态性对功能的影响仍然未知。在这项研究中，团队展示了迄今为止最大的全基因组VNTR多态性图谱，在8,222个高覆盖基因组中检测到250多万个VNTR长度多态性（VNTR-LPs）和1,100多万个VNTR主题多态性（VNTR-MPs）。 2024年11月27日，中国科学院生物物理所何顺民教授团队在期刊《Cell Genomics》上发表了题为“Genome-wide investigation of VNTR motif polymorphisms in 8,222 genomes: Implications for biological regulation and human traits”的研究论文。利用大规模的NyuWa队列，团队发现了2,982,456个（31.8%）NyuWa特异性VNTR-MPs， 其中95.3%为罕见。 此外，在38,685个VNTR中， 团队发现了1,937个VNTR通过淋巴母细胞系中的VNTR-MPs与基因表达相关。 团队还探讨了VNTR多 ………………………………