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干货 | 最全汇总:掌握这些基因组 MGE 识别数据库,分析工作不用愁!
生物学霸
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公众号
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生物
· 2019-08-27 17:00
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移动遗传元件 (Mobile genetic elements, MGEs ) 如质粒、噬菌体、基因组岛、转座子和插入序列等是能够在细胞内外移动、携带编码特定功能基因的基因组片段,在生物体 基因转移 和 基因重组 方面以及 物种进化 方面起着不可小觑的推动和调节作用,并且一直是研究的热点。 MGE 也是横向基因转移事件的指示物,代表着生物体对不同环境的主要适应性机制。 如何准确预测基因组中的 MGE 并进行分析一直是大家关注的问题,今天就为大家介绍一些可以识别 MGE 的数据库: IslandViewer4 ISFinder PHASTER ACLAME CENSOR、RepeatMasker 与 HTT-DB 熟练使用后将方便大家之后的分析工作。 一、使用 IslandViewer4 识别基因组岛 基因组岛 是细菌或古细菌基因组中位置相邻的外源基因集群,通常与 tRNA 基因 ………………………………
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