专栏名称: 生信分析手册
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5+线粒体自噬+单细胞+预后模型,看完谁还敢说生信难上手慢!!!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-11-22 17:52

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“Single-cell sequencing unveils mitophagy-related prognostic model for triple-negative breast cancer”,这篇文章发表在 Front Immunol 期刊上,影响因子为5.7。 结果: 单细胞测序数据分析 使用降维算法 ( tSNE),作者鉴定了 18 个不同的细胞亚型,这些细胞亚型具有不同的基因表达谱。通过细胞注释,鉴定了 1 种不同的细胞类型,包括成纤维细胞、骨髓细胞和肿瘤细胞。为了探索 MRG 的表达特性,作者使用 AUCell R 包评估了每个细胞的 MM 活性。将 AUC 评分归因于对应于 MRGs 的所有细胞,以根据既定的 AUC 评分阈值将它们分为高 AUC 表达组和低 AUC 表达组。基因表达升高的细胞表现出 AUC 值升高,这种现象主要在橙色髓细胞、成纤维细胞和肿瘤细胞中观察到。为了确定可能导致观察到的 AUC 评分差异的生物学机制,作者进行了差异表达和 ………………………………

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